令和7年3月期の賃上げ促進税制の解説②【中堅企業編】

令和６年度税制改正により、賃上げ促進税制において新たに中堅企業枠が設けられました。内容は大企業向けの賃上げ促進税制に近いのですが、適用要件が緩和されている為、より控除が受けやすくなっております。

中堅企業における取扱い

青色申告である法人が、令和６年４月１日から令和９年３月３１日までの間に開始する事業年度の事業年度末において、特定法人に該当する場合には、中堅企業向けの優遇措置を適用することができます。

｜中堅企業の定義

特定法人とは、常時使用する従業員数が２千人以下の法人で、その法人及びその法人による支配関係のある法人の常時使用する従業員の合計数が１万人を超えない法人を言います。

常時使用する従業員数についてですが、常用であるものと日々雇い入れるものは問われません。事業所等に常時就労している職員及び工員等の総数を指しており、役員等はカウントに入れません。

判定は、法人の適用事業年度末の状況で判断します。雇用契約を締結していればパートやアルバイトも数に含まれます。なお、在籍型出向者など複数の事業者と雇用契約を締結しているときは、主として従事しているか等の実態により、いずれの事業者に算入するかの判断を行います。

 

｜税額控除率

中堅企業における適用要件の判定は、大企業と同様に継続雇用者給与等支給額の増加率により行います。前事業年度比及び税額控除率につきましては、次のようになります。

前事業年度比	税額控除率
＋３％	１０％
＋４％	２５％

継続雇用者は、前事業年度及び適用事業年度の全ての月において給与等の支給を受けている必要がありますが、判定は月単位で行う為、月の途中で入社又は退社した場合においても該当することがあります。

なお、中小企業者等に該当する場合は中小企業向けの制度を利用した方が有利となります。

 

控除率の上乗せ要件

税額控除率の上乗せ要件ですが、こちらも大企業と同様に教育訓練費の増加割合と子育て支援や女性活躍支援に積極的に取り組んでいることが要件となります。

｜教育訓練費

教育訓練費による上乗せ要件及び控除率は大企業と変わりません。適用事業年度における教育訓練費の金額が、下記の条件を満たす場合は、税額控除率が５％上乗せされます。

 

前事業年度の教育訓練費（比較教育訓練費）ですが、適用事業年度の月数と前事業年度の月数が異なる場合は、下記の調整計算を行う必要があります。

（注）適用事業年度の開始日の前日から過去1年以内に開始した事業年度の数が2事業年度以上の場合は調整計算方法が異なります。

｜子育て支援・女性活躍支援

厚生労働大臣の認定を受けることで可能となる上乗せ措置ですが、中堅企業については、適用事業年度終了時にプラチナくるみん認定（プラチナくるみんプラス認定を含む）又はプラチナえるぼし認定を取得していることの他に、えるぼし認定（３段階目）の取得も要件とされています。

 

なお、３段階目であっても採用・継続就業・労働時間等の働き方・管理職比率・多様なキャリアコースの５つの基準を充足しており、女性の活躍推進企業のデータベースに公表していることが求められます。

要件を満たした場合の上乗せ税額控除率は５％です。

マルチステークホルダー方針

中堅企業に該当する法人には、マルチステークホルダー方針の公表及び届出が必要となる法人と必要がない法人が含まれます。

｜中堅企業の対象範囲

税制改正後のマルチステークホルダー方針の公表・届出が必要となる法人は、①従業員数２千人超の法人と、②資本金１０億円以上かつ従業員１千人以上を有する法人です。

即ち、従業員数が２千人以下の中堅企業であったとしても、②に該当する場合は、賃上げ促進税制を適用するためには、マルチステークホルダー方針の公表を適用事業年度終了の日までに行い、同日から45日以内に届出を行う必要があります。

ご参考までに公表・届出が必要となる法人の範囲と、中堅及び中小企業向け賃上げ促進税制の適用対象範囲を記した表を掲載いたします。

｜変更等があった場合

受理通知書を取得した後に方針又は届出書の内容に変更があった場合は、Gビズフォーム手続ウェブサイトにて変更届出書（様式第四）を提出します。マルチステークホルダー方針に変更があった場合は、更に変更前と変更後の様式第一も提出します。

令和６年３月期以前より引き続き賃上げ促進税制の適用を受ける場合の対応ですが、新様式を使用してマルチステークホルダー方針の公表し直しを行います（既に新様式による公表を行っている場合を除く）。

令和７年３月期以後の事業年度ですが、更新がなければ公表のし直しは不要です。なお、届出（様式第二）につきましては各適用事業年度ごとに提出が必要となります。

 

確定申告その他注意点

中堅企業が賃上げ促進税制の適用を受ける場合における申告上の注意点ですが、まずは確定申告書の記載につきましては、大企業と同じく別表六（二十四）及び別表六（二十四）付表一を使用します。

｜別表の記入方法

先に付表の記入から行います。大企業の場合と同様に継続雇用者（比較）給与等支給額と（比較）雇用者給与等支給額を記入します。また、上限計算に使用する調整（比較）雇用者給与等支給額も記入します。「１」から「１９」欄を使用します。

比較教育訓練費の計算ですが、上述のとおり適用事業年度と前事業年度の月数が異なるときは調整計算を行い、改定教育訓練費の金額を「２３」に記入します。

別表六（二十四）の記入ですが、左側の列は大企業の場合と基本的に変わりません。付表の金額を転記するとともに各増加額及び増加割合を算定します。一方、右側の列の税額控除限度額等の計算は、中堅企業の場合は第２項適用の場合の欄に記入します。

「１４」の継続雇用者支給額増加割合が３％以上であれば税額控除の適用があり、４％以上のときは 0.15 を「３３」に記入します。

上乗せ措置ですが、教育訓練費については「１８」が１０％以上（適用事業年度に金額があり、前事業年度がゼロの場合も含む）であり、かつ「１９」が０．０５％以上のときは「３４」に 0.05 を記入します。

プラチナくるみん又はえるぼし３段階目以上を取得しているときは「３５」に 0.05 を記入します。

「３６」の控除限度額は、「２２」差引控除対象雇用者給与等支給増加額に 0.1 と「３３」「３４」「３５」の控除率を合算した率を乗じて算出します。

上乗せ措置も含めた最大控除率は３５％で大企業の場合と同じです。また、税額控除適用前の法人税額の２０％が控除上限額となります。

｜留意事項

確定申告書には上記別表に加えて適用額明細書を添付します。中堅企業であっても、資本金１０億円以上かつ従業員１千人以上であればマルチステークホルダー方針を公表した旨の届出に対する受理通知書の写しも添付します。

中小企業者等を除く法人で、適用事業年度の所得が前事業年度を上回っており、かつマルチステークホルダー方針の公表等が必要なときは、下記のいずれかの要件を満たさなければ、試験研究費の特別控除など他の租税特別措置の特定税額控除規定を適用することができません。

 

マルチステークホルダー方針の公表等が不要な法人や前事業年度が赤字の法人においては、(a) がプラスであるか、(b) が３０％超であれば適用可能となります。

（注）設立事業年度や合併等事業年度に該当するときは判定が異なる場合があります。

なお、中小企業者等であっても過去３事業年度の課税所得が１５億円を超えているときは同様の取り扱いとなります。

 

まとめ（Conclusion）

資本金が１億円を超えている法人であっても中堅企業に該当するときは、賃上げ促進税制の第2項の規定を適用することができます。賃上げ促進税制は更正の請求では適用できない為、確実に確定申告書に記載する必要があります。